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PCR技术(二):PCR反应模板的制备

发表人:吴敏,发布时间:09-02-02
 

PCR反应的关键因素主要有引物的选择与设计,酶的质量.模板的制备,在前二者都稳定可行的情况下,PCR模板的制备尤为重要.模板处理方法的选择及操作人员的基 本技能,决定分离模板核酸(DNARNA)的质和量及PCR的成败.而提高模板核酸质量的 关键是除去杂质(蛋白质、酶、脂肪等).除去抑制Taq DNA聚合酶活性抑制因子,提高 模板核酸的产量.

  传统的核酸模板提取方法是采用去垢剂如SDS等来破坏细胞组份,溶解细胞膜, 使蛋白质变性,再用蛋白酶K来消化去除蛋白质,尤其是与DNA结合的蛋白质,再用 :氯仿抽提,然后用乙醇或异丙醇沉淀核酸,供PCR实验用.但近几年来也发展了些 简便实用较为有效的标本消化处理方法.亦可满足PCR实验的要求.采用哪种方法消化 处理标本,视PCR实验的目的(是科研还是检测)及环境条件而定.

模板核酸的提取制备方法

  ()蛋白酶K消化裂解法:适用于所有标本的消化处理,尤以DNA样品为佳.如组 织细胞(包括石蜡包埋组织)绒毛、毛发、精斑、血液(血清、血浆、全血)局部分泌 物、尿,粪便等.

  1.试剂配制

  蛋白酶K消化液:10mmol/L Tris.cl(PH8.0)

                   10mmol/LEDTA

                   150mmol/LNaCL

                   0.5%SDS

                   100200ug/ml蛋白酶K.

  蛋白酶K最好用水配成20mg/ml,临用时加入消化液中.

  2.提取方法:

  有些标本、在用蛋白酶K消化前,还需预处理一下,如粪便、分泌物、痰液、组 织块、石蜡包埋组织等,其方法有离心去掉杂质,脱蜡等.

  临床标本或经预处理的标本加蛋白酶K裂解液50100ul.混匀,5513小时, 37过夜.加等体积的饱和酚抽提12次,再加等体积的氯仿:异戊醇(49:1)抽提一 次,上清加入1/10体积的pH5.23mmol/L醋酸钠缓冲液,加入2.5倍体积的冰冷无水 乙醇(或加等体积的异丙醇)-20放置至少3h.取出后14000/min离心15min.小心吸 弃或倒出上清,沉淀加入75%冰冷乙醇15000r/min5min离心洗涤12次,特别小心的 吸弃或倒掉上清,真空或37温箱或室温干燥,加TE缓冲液20ul.溶解后,取38ul 用于PCR扩增,或放-20保存.

  蛋白酶K消化法除上述经典处理法外,亦可在蛋白K消化处理标本,经离心处理 后,吸取上清经9597或煮沸10min灭活蛋白酶K后,直接作核酸模板用于PCR扩增. 如杂质较多,还可经酚:氯仿抽提后,即可用于PCR反应.此法蛋白质及其它杂质消除 彻底,Taq酶活性不受影响,具有良好的重复性与稳定性.但操作繁复,技术要求高.

  ()直接裂解法:标本(组织细胞,分泌物)PBS或生理盐水离心洗涤后,加消化 裂解液2050ul(0.5%NP-400.5%吐温-20)95981530min以裂解病原体, 裂解细胞.然后12000r/min离心510min,取上清2030ul用于PCR扩增.血清标本可 直加等体积的消化液,加热处理离心后PCR扩增.亦有用5%NP-401.5%2-ME做裂解 液,9530min消化处理,离心取上清,PCR扩增检测HBV DNA.

  ()碱变性法:取血清20ul,加入1mol/L NaOH 20ul3730min,离心,加 1mol/L HCl 20ul,离心后,取上清5ul,用于PCR扩增.*亦有用10ul血清加NaOH 0.2mol/L371h,再加HCL中和离心后取上清10ulPCR,其特异性和敏感性较前法 更好.

  ()煮沸法:经离心洗涤过的组织细胞,分泌物及血液标本,加适量无菌蒸馏水或PBS,混匀 后,100煮沸1015min14000r/min 10min,取上清做PCR.

  ()碘化钠法:取组织细胞及抗凝血液10100ul,加等体积的6MNaI,反复轻混 20s,加等体积氯仿:异戊醇(49:1)振匀后,离心取上清加0.6体积的异丙醇,混匀后 置室温3min.14000r/min 10min,沉淀加10100ulTE溶解,取510ulPCR,亦有 100ul血清加裂解液300ul(6M NaI0.5%十二烷基肌酸钠,10ug糖原,26mmol/L pH8.0 Tris-HCL13mmol/LEDTA)混匀后,6015min,加等体积异丙醇,离心沉定 后,加TE液用于PCR扩增,其产量和质量较高.

  ()异硫氰酸胍法

  此法主要用于RNA的提取.标本为组织细胞及血清等.

  1.异硫氰酸胍消化液

          异硫氰酸胍4mol/L

          柠檬酸钠(PH7.0)25mmol/L

          十二烷基肌酸钠0.5%

          β-巯基乙醇0.1mol/L

  2.消化方法:50100ul细胞悬液及血清,加等体积的异硫氰酸胍消化液振混匀 后,或651小时,或室温放置数分钟,然后加1/10体积的3mmol/L pH5.2的醋酸钠缓 冲液,再加等体积的酚:氯仿,用力振摇约10s10000r/min,离心5min,取上清加等 体积异丙醇-20放置3h后,14000r/min离心15min,沉定用75%冰冷乙醇离心洗涤1 2次,真空干燥,沉淀用TE缓冲液溶解即可用于逆转录PCR扩增,或放-20保存.

  其它消化处理标本提模板核酸的方法有异硫氰酸胍一二氧化硅法异硫氰酸胍 -玻璃粉法.Chelex-100.全血直接扩增法尿素消化裂解法.各有千秋,可根据 情况选用.

 

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