新ezbiocloud比对结果建树前序列标签处理

发表人:赵哲,发布时间:17-11-04
新的ezbiocloud序列比对后下载的fasta结果文件中序列标签是如下格式: 
>Chromobacterium vaccinii_MWU205_JZJL01000120_99.66_Bacteria;Proteobacteria;Betaproteobacteria;Neisseriales;Neisseriaceae;Chromobacterium
本脚本用于快速将格式调整为IJSEM要求的建树格式:
>Chromobacterium vaccinii MWU205 (JZJL01000120)

用法:将fasta文件与脚本放在同一文件夹,文件夹中不要有其他以.fasta结尾的文件。直接运行脚本,得到'result.txt'文件。

2019.06.08
ezbiocloud序列标签更新为如下格式:
>Rhizobium azooxidifex|Po 20/26|LN832063|97.6|Bacteria;Proteobacteria;Alphaproteobacteria;Rhizobiales;Rhizobiaceae;Rhizobium
脚本更新为delete2.4.py
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