引物及基因序列在基因组中的比对
发表人：程 虹，发布时间：12-11-07
本地Blast主要用于数据量大时可以进行批量比对，或是有针对性的使用本地数据库。也可在离线运行并保证数据安全性。 因本实验室补洞及寻找目的基因的需要，可将全基因组序列构建本地blast数据库，使用目标序列作为比对序列，快捷方便的得出结果，本方法中提供一个简单的Perl程序运行本地Blast，用于比对核酸序列，如需使用蛋白序列或调试其他参数可根据NCBI的本地Blast使用说明编辑perl 程序，需事先下载或格式化好本地数据库。
1. 安装Active Perl的Windows版本，见附件，双击安装，免费使用；
2. 安装老版本Blast程序（PS：现在NCBI官方推荐使用Blast+程序，有待更新）；
方法：双击，在该文件所在目录下会生成一系列文件。留意安装路径，举例：设定为"D:/NCBI/Blast"。
3. 格式化数据库：（同样数据库只需格式化一次）
开始→运行→cmd，使用cd 命令打开blast程序所在文件夹，输入：
> D:
> cd D:/NCBI/Blast
> formatdb -i databasename -p F -o T
注：databasename表示自己选择的数据库（放置于同一文件夹）
注：databasename表示自己选择的数据库（放置于同一文件夹）
参数说明：
-i input file 参数用于指定需要格式的数据库
-p type of file 用于指定文件类型，T 为蛋白质，F为核酸，默认为 T
-o parse options 用于指定是否解析序列ID并创建索引 T 为创建，F为不创建，默认为F。如果不用T，会提示[NULL_Caption] WARNING: "inputseq": Could not find index files for database "databasename"。可以输入formatdb -h 来获取相关参数的解释和帮助。
4. 双击运行LocalBlast.pl，见附件。
将该程序与Blast程序放置于同一文件夹输出结果文件在同一目录下，根据屏幕提示进行，比对e-value阈值为10-3，输出结果为TAB格式，分为12列，每列分别代表"Query id,Subject id,% identity,alignment length,mismatches,gap openings,q. start,q. end,s. start,s. end,e-value,bit score"。
实测可用，欢迎调试。报告bug请联系hongc@zju.edu.cn。
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